• Les fédérations territoriales regroupent les associations étudiantes d'une même ville ou d'une même région. Elles développent des actions locales de proximité et permettent aux associations étudiantes d'avoir un poids plus important.

• Les fédérations de filière ou monodisciplinaire regroupent les associations étudiantes d'une même filière, leur permettant d'avoir une représentation nationale. Leur principal objectif est de réfléchir sur l'évolution de la filière et l'insertion professionnelle de ses étudiants.

• Les membres associés regroupent des structures associatives à but non lucratif qui ont un rôle important pour la jeunesse, et en particulier les étudiants, et dont l'activité n'est pas contraire aux buts de la FAGE (santé, logement, emploi, solidarité, relations internationales, formation des élus, ...). Il peut s’agir d’une structure défendant une ou plusieurs grandes causes nationales ou internationales.

C'est le conseil d'administration de la FAGE qui prend les décisions. Il est composé des fédérations territoriales, des fédérations de filière et des membres associés, réunis dans deux collèges. Dans ce sens, le fonctionnement de la FAGE est confédéral. Le conseil d'administration se réunit une fois tous les deux mois. Les fédérations membres de la FAGE y délèguent un représentant.

Une fois par an, une fédération membre de la FAGE organise le Congrès national. A cette occasion, dans le cadre d'une assemblée générale, à laquelle assistent les délégations des fédérations, des monodisciplinaires et des associations étudiantes, les administrateurs élisent le Bureau national de la FAGE et définissent les grandes orientations de l'année.

• L'assemblée générale
  Publique, elle regroupe l'ensemble des membres adhérents à une association et à une fédération de la FAGE. Elle élit chaque année le Bureau national au Congrès de la FAGE.

• Le conseil d'administration
  Il regroupe les président(e)s des 59 fédérations territoriales et de filière adhérentes à la FAGE. Il se réunit très régulièrement (tous les mois environ) pour définir les grandes décisions et les orientations de la FAGE. 

• Le Bureau national
  Le Bureau national se charge d'appliquer la politique votée par le conseil d'administration et de gérer les ressources humaines de la FAGE en ce sens. Il représente la FAGE auprès des instances et des médias.