Au sein de l'équipe nationale de la FAGE, un vice-président, un chargé de mission et un coordinateur de réseau et formation ont pour mission d'accompagner, conseiller et soutenir les fédérations membres dans leur développement. Sur le terrain, se sont plus de 60 formateurs (dont une quinzaine sont formés chaque année), eux aussi responsables associatifs, qui sillonnent les campus. La formation par les paires représente ainsi près de 600 modules de formation au cours des 120 événements de formation locaux organisés chaque année.

Afin d'animer le réseau des 48 fédérations et 2000 associations qui la compose, la FAGE met en place durant l'année 3 événements nationaux :

• Le Congrès National, qui se déroule chaque année fin septembre ;
• Le Séminaire National des Elus Etudiants, dédiés aux représentants étudiants ;
• Les Assoliades, réunissant 400 bénévoles durant les universités d'été de la FAGE.

Pour répondre aux besoins de ses membres, la FAGE propose plus de 70 formations, permettant à chaque jeune engagé dans une association étudiante d'assumer pleinement ses responsabilités et de développer ses compétences. Quatre thèmes, brossant toute la diversité du champ d'activité d'une association, sont ainsi abordés : gestion et développement de projet, affaires sociales, innovation sociale et affaires académiques.

Plusieurs supports de formation sont également mis à disposition :

• Le Guide de l'Elu, à destination des représentants étudiants ;
• Le Guide du Responsable Associatif et du Bénévole Etudiant, qui reprend tous les bases du fonctionnement d'une association ;
• Le wikifage, l'encyclopédie numérique collaborative sur l'enseignement supérieur, les questions sociales, et les initiatives étudiantes.